สปีชีส์ย่อยที่แนะนำข้างต้นไม่เคยใช้กันอย่างแพร่หลายหรือตรวจสอบความถูกต้องโดยนักชีววิทยาภาคสนาม ความแตกต่างทางสัณฐานวิทยาที่อธิบายไว้มีขนาดเล็กพอที่จะเป็นผลมาจากการเปลี่ยนแปลงอย่างง่ายในตัวอย่างที่ไม่ใช่ตัวแทน: 2 การศึกษาตรวจสอบmitochondrial DNAจากการตัดชิ้นเนื้อผิวหนังจากตำแหน่งสุ่มตัวอย่าง 13 แห่งพบว่า "ความแตกต่างทางพันธุกรรมต่ำ แต่มีนัยสำคัญ" ในหมู่H. a. สะเทินน้ำสะเทินบก , H. a. คาเปนซิสและH. a. คิโบโกะ ทั้งเอช.เอ. tschadensisหรือH. a. ได้รับการทดสอบconstrictus จนถึงปี 1909 นักธรรมชาติวิทยาจำแนกฮิปโปและหมูตามรูปแบบฟันกราม หลักฐานหลายบรรทัด ขั้นแรกจากโปรตีนในเลือด จากนั้นจากระบบโมเลกุล และดีเอ็นเอและบันทึกฟอสซิล แสดงให้เห็น ว่าญาติสนิทที่สุดของพวกมันคือ สัตว์จำพวก วาฬ ( วาฬโลมาและปลาโลมา ) บรรพบุรุษร่วมกันของฮิปโปและวาฬแยกออกจากรูมินันเทียและสัตว์กีบเท้ายาวที่เหลือ เชื้อสายของสัตว์จำพวกวาฬและฮิปโปก็แยกจากกันหลังจากนั้นไม่นาน ทฤษฎีกำเนิดของฮิปโปโปเตเมียล่าสุดเสนอแนะว่า ฮิปโป และวาฬมีบรรพบุรุษกึ่งน้ำร่วมกันที่แยกออกจากสัตว์จำพวกอาร์ทิโอแดกทิลอื่นๆ เมื่อราว60 ล้านปีก่อน กลุ่มบรรพบุรุษที่ตั้งสมมติฐานนี้น่าจะแยกออกเป็นสองสาขาอีกครั้งเมื่อประมาณ54 ล้านปีก่อน