ลำดับจีโนมฟักทองคุณภาพสูงจะนำไปสู่การแยกพันธุกรรมที่มีพื้นฐานมาจากลักษณะทางพืชไร่ที่สำคัญได้อย่างมีประสิทธิภาพมากขึ้น ซึ่งจะช่วยเร่งกระบวนการปรับปรุงพันธุ์ ฟักทอง ในโลกของแตงกวา นี่หมายถึงการแพร่พันธุ์ที่รวดเร็วขึ้นเพื่อให้มีความต้านทานต่อโรคต่างๆ เช่น โรคเหี่ยวฟิวซาเรี่ยมหรือราแป้ง ซึ่งเป็นฟิล์มสีขาวที่ชาวสวนจำนวนมากอาจพบว่าทำให้ใบสควอชของพวกเขาตาย หรือเพิ่มการผลิตแคโรทีนอยด์ ซึ่งเป็นสารสีส้มที่เกี่ยวข้องกับสุขภาพตา ประโยชน์อื่นๆในขณะที่เป้าหมายสูงสุดสำหรับการจัดลำดับจีโนมคือเพื่อให้สามารถเชื่อมโยงยีนเฉพาะกับลักษณะที่ควบคุมได้ ผลการจัดลำดับฟักทองยังเปิดเผยประวัติวิวัฒนาการที่น่าสนใจสำหรับสายพันธุ์