ความผิดปกติทางพันธุกรรมมีอยู่ประมาณ 1 ใน 3 ของบุคคลที่เป็นโรคหัวใจพิการแต่กำเนิด สิ่งเหล่านี้รวมถึงความผิดปกติของโครโมโซม (เช่น Trisomy 21), microdeletions (เช่น 22q11 microdeletion) หรือการกลายพันธุ์ (เช่น Noonan syndrome) อย่างไรก็ตาม ปัจจัยเสี่ยงที่ทราบจะอธิบายได้เพียงประมาณ 30% ของการแปรผันที่สังเกตได้ในผลลัพธ์ ND หลังการผ่าตัดหัวใจในวัยเด็ก10-12 บ่งชี้ว่าปัจจัยทางพันธุกรรมและ epigenetic ที่ยังไม่ทราบอาจมีบทบาทสำคัญ Microdeletions ที่ทำให้เกิด โรคหัวใจ อาจเกี่ยวข้องกับรูปแบบเฉพาะของความเจ็บป่วยทางพัฒนาการทางระบบประสาท ตัวอย่างเช่น ผู้ใหญ่ที่มีการลบ 22q11 มีความบกพร่องเฉพาะด้านทักษะการมองเห็นเชิงพื้นที่ หน้าที่ผู้บริหาร (การแก้ปัญหา การจัดองค์กร การวางแผน) การคิดเชิงนามธรรมทางสังคม และความเอาใจใส่ 13ตัวแปรของจำนวนการคัดลอกที่ทำให้เกิดโรค เช่น บริเวณของการเพิ่มหรือการสูญเสียของ DNA มีรายงานว่ามีอยู่ใน 13.9% ของทารกที่เป็นโรคหัวใจห้องล่างเดี่ยว เทียบกับ 4.4% ของกลุ่มควบคุม และเกี่ยวข้องกับการเจริญเติบโตทางระบบประสาทและร่างกายที่ด้อยกว่า 14ปัจจัย Epigenetic การศึกษาการเปลี่ยนแปลงของโปรตีนที่ส่งผลต่อการควบคุมยีนโดยไม่เปลี่ยนแปลงลำดับดีเอ็นเอหลัก อาจมีบทบาทในการกำหนดผลลัพธ์ทางการรับรู้ทางประสาท ในที่สุด ความหลากหลายทางพันธุกรรมที่ส่งผลต่อความอ่อนแอและความยืดหยุ่นของโฮสต์ เช่น จีโนไทป์ของ apolipoprotein E อาจส่งผลต่อการตอบสนองของสมองต่อความเครียดที่เกี่ยวข้องกับ CHD รวมถึงการทำบายพาสหัวใจและปอดและเหตุการณ์ระหว่างการผ่าตัด 17ด้วยจำนวนผู้รอดชีวิตจากโรคหลอดเลือดหัวใจตีบตันที่เติบโตอย่างรวดเร็วจนถึงวัยเจริญพันธุ์ การวิจัยเกี่ยวกับรากฐานทางพันธุกรรมของความผิดปกติของพัฒนาการทางระบบประสาทถือว่ามีความสำคัญเพิ่มขึ้น